南摩鹿加包含马来群岛中马鲁古群岛南部的150余个岛屿。主要的岛屿有塞兰岛、安汶岛、布鲁岛。南摩鹿加地区居民多为基督教徒,约有100万。该地区行政上属马鲁古省。该地为原南马鲁古共和国的所在地,为南马鲁古独立运动的策源地。
1949年,印尼在脱离荷兰殖民统治的的独立战争中获胜后,原属荷属东印度一部分的南摩鹿加拒绝加入独立后的印尼,1950年4月,该地成立了南马鲁古共和国,1950年11月印尼军队攻占南摩鹿加,流亡政府在荷兰成立。