孔琇之（5世紀？—494年），南朝齊官員，會稽郡山陰縣（今浙江省紹興市）人，孔子第二十九代孫，孔靖的孫子，孔靈運的兒子。
孔琇之初為國子生，郡舉為孝廉。歷任烏程縣、吳縣令，有吏才，以善治著稱。轉任尚書左丞，又以職事知名。歷任臨海郡太守，在任清廉。任滿還京，只有有乾薑二十斤獻給皇帝。出監吳興郡，轉授吳興太守。隆昌元年，擔任晉熙王蕭銶冠軍長史、江夏內史，行郢州事。當時蕭鸞專政，殺害諸王。想讓他殺死晉熙王。孔琇之推辭，蕭鸞不許，孔琇之於是絕食而死。其子孔臶。
