分子育種是分子水平上的遺傳育種，是傳統育種與基因工程技術相結合的產物。分子育種技術將外源DNA導入作物，來改善育種效果，從而能夠更大效率的利用種質資源。導入DNA可以以胚細胞或生長點分生細胞為目標。分子育種的主要目標，是提高產量、提升品質，並降低生產成本。現在的分子育種已能夠識別目的基因，並控制重組的質粒，轉化途徑也更加多樣化。
